Spori o dolgoročnih učinkih diete z malo ogljikovih hidratov v znanstveni skupnosti ne umirijo. Če upoštevamo hitro hujšanje v kratkem času, potem so takšne diete dokaj učinkovite. Toda nekateri znanstveniki dvomijo o hranilni vrednosti takšne prehrane. Strokovnjaki celo težko rečejo, do katerih posledic lahko takšna sestava prehrane vodi.
John Buckley, profesor zdravja na Univerzi v Južni Avstraliji, je prepričan, da morate pred svetovanjem o določeni prehrani razumeti posledice takšne izbire. Glede diete z malo ogljikovih hidratov navaja: zmanjšanje vnosa ogljikovih hidratov lahko privede do višjih ravni "slabega holesterola." Od tod tudi srčno-žilne težave.
Priznati je treba, da se raven "slabega holesterola" čez nekaj časa zniža. Toda izgubljena teža ne ostane na doseženi ravni. Praviloma kilograme pridobivamo in to precej hitro.
Veliko bolj resna je možnost dolgotrajnih težav, povezanih z razpoloženjem, kot je depresija. Poleg tega človek z zavrnitvijo ogljikovih hidratov (in njihov vir je tako koristna rastlinska hrana, kot so polnozrnate žitarice, zelenjava in sadje) izgubi potrebna hranila in antioksidante, ki ugodno vplivajo na srce in ožilje. Vlaknine, kalcij in folna kislina prav tako niso na voljo v pravih količinah.
